Kabupaten Fakfak berdiri sesuai dengan amanah Undang-Undang Nomor 12 Tahun 1969 tentang pembentukkan Provinsi Otonomi Irian Barat bersama dengan 8 kabupaten lainnya yaitu Kabupaten Jayapura, Kabupaten Biak Numfor, Kabupaten Manokwari, Kabupaten Sorong, Kabupaten Merauke, Kabupaten Jaya Wijaya dan Kabupaten Japen Waropen. Sesuai dengan pasal 1 ayat 2, Kabupaten Fakfak meliputi wilayah Kepala Pemerintah Setempat Fakfak, Kaimana dan Mimika dengan Pemerintahan Kabupaten Berkedudukan di Fakfak. Kabupaten Fakfak sebagaimana sesuai dengan Undang-Undang 12 Tahun 1969 memiliki luas 50.542 km² meliputi 8 kecamatan yaitu Kecamatan Kokas 6.175 km², Kecamatan Fakfak 6.145 km², Kecamatan Kaimana 5.500 km², Kecamatan Teluk Arguni 5.000 km², Kecamatan Etna 8.000 km², Kecamatan Mimika Barat 7.974 km², Kecamatan Mimika Timur 7.738 km² dan Kecamatan Agimuga 4.010 km². Dalam proses perjalanannya, Kabupaten Fakfak mengalami pemekaran wilayah. Tahun 1999, Kabupaten Fakfak memekarkan Timika menjadi Kabupaten Mimika sesuai dengan Undang-Undang Nomor 45 Tahun 1999 tentang Pembentukkan Provinsi Irian Jaya Tengah, Provinsi Irian Jaya Barat, Kabupaten Paniai, Kabupaten Mimika, Kabupaten Puncak Jaya dan Kota Sorong, sehingga wilayah Kabupaten Fakfak hanya meliputi 5 wilayah kecamatan yaitu Kecamatan Kokas, Kecamatan Fakfak, Kecamatan Kaimana, Kecamatan Teluk Arguni dan Kecamatan Etna.
Tahun 2002, Kabupaten Fakfak dimekarkan wilayahnya menjadi Kabupaten induk dan Kabupaten Kaimana sesuai dengan Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2002 tentang Pembentukkan Kabupaten Sarmi, Keerom, Sorong Selatan, Raja Ampat, Pengunungan Bintang, Yahukimo, Tolikara, Waropen, Kab. Kaimana, Boven Digoel, Mappi, Asmat, T. Bintuni dan Wondama, sehingga Kabupaten Fakfak sebagai kabupaten induk memiliki luas 14.320 km². Dilihat dari catatan sejarah mengenai asal-usul Fakfak, informasi mengenai keberadaan kampung, dan orang asli (indigenous people) Fakfak sangat sulit ditemukan. Kebanyakan sejarah mengenai Fakfak lebih banyak mengungkapkan perjalanan masuk dan berkembangnya tiga agama yakni agama Islam, Katolik, dan Kristen Protestan yang dianggap sebagai agama Keluarga di Fakfak, sehingga muncul semboyang yang mempererat harmonisasi antar sesama dan nama yang terkenal yaitu “ Satu Tungku Tiga Batu, Satu Hati Satu Saudara”. Nama Fakfak dari sisi asal-muasal dimaknai secara tidak tunggal oleh masyarakat setempat. Ada yang mengatakan bahwa kata ‘Fakfak’ pada awalnya tidak dilafalkan dalam huruf ‘f’, tetapi huruf ‘p’ sehingga ‘Fakfak’ yang sebenarnya adalah ‘Pakpak’. Konotasi nama Fakfak masih simpang siur. Awalnya Fakfak di sebut dengan Pakpak kemudian mengalami perubahan menjadi Fakfak hingga saat ini. Dalam salah satu bahasa setempat, “Pakpak” dimaknai dalam beberapa cara. Berdasarkan asal-usulnya, orang Fakfak mengidentifikasi dirinya ke dalam 2 (dua) kategori, yakni orang asli dan pendatang. Orang asli (indegeneous people) merupakan orang-orang yang di pandang telah ada dan bermukim di Fakfak sejak nenek moyang awal mereka dengan identitas marga yang melekatnya. Mereka disebut sebagai ‘anak negeri’. Kalangan pendatang adalah orang-orang yang berasal dari berbagai tempat di luar Fakfak, baik masih berasal dari dalam Papua maupun dari luar Papua yang datang dengan berbagai alasan. Migrasi masuk ke Fakfak oleh kalangan pendatang ini di dorong oleh alasan ekonomi, alasan kerja hingga alasan perkawinan.
Informasi mengenai suku asli (indegeneous people) di Fakfak meliputi suku Mbaham, Ma’tta, Mor, Onin, Irarrutu, Kimbaran, dan Arguni. Bila dirinci menurut bahasa maka ada sekitar 10 bahasa di Kabupaten Fakfak yaitu:
Pada wilayah Karas ada 2 bahasa yaitu bahasa Karas Laut (Antalisa dan Mas) atau di sebut dengan Karkaraf dan Karas Darat (Faur, Kiaba, Tuberwasak, Malakuli dan Tarak).
Bahasa Patimunim atau Bahasa Mbaham dengan wilayah Kampung meliputi Saharei, Weri, Tunasgain, Kiriabisa, Urat, Sanggram, Waserat, Wambar, Wambar Timur, Kotam, Mbamdandara, Wos, Kampung Waremu dan Mbahamdandara
Bahasa Matta (Bahasa Iha) mulai dari Kampung Werba, Uni Pokpok, Kamandu Tetar, Kiat, Kwuahkendak, Pahge Nikindit, Sukuru Tuare, Porum, Purwahap Tonggo, Siboru, Sipatnanam, Wartutin, Torea, Werba Utara, Wurkendik, Sekban, Sekru, Gewerpe, Kapartutin, Lusiperi, Tanama, Wrikapal, Air Besar, Brongkendik, Hambriemkendik, Kanantare, Mandopma, Nemewikarya, Pasir Putih, Pirma, Raduria, Sakartemin, Kalamanuk, Wayati Timur, Wayati, Wayati Barat, Krabelang, Kwama, Kampung Baru, Masina, Pangwadar, Patimburak, Gewab, Homorkokma, Kaburbur, Kramongmongga, Mbaham Ma Youn, Patukar, Tentreda, Ubadari, Warpa, Wargep, Kinam, Kriawaswas, Mambunibuni, Bahbadan, Kwamkwamur, Mamur, Nembukteb, Pikpik, Adora, Degen, Mawar, Offie, Puar, Sum, Tetar, Tibatibananam, Us, Kayuni, Kwagas, Manamur, Rangkendek, Tanehamur, Twookindit dan Werfra.
Bahasa Onin (Bahasa Rumbati), meliputi Kampung Rumbati dan sekitarnya, Tawar, Salakiti, Sengkiti, Gar, Perwasak, Werpigan dan Werabuan.
Bahasa Patipi mulai dari Patipi Pulau, Patipi Pasir, Bisa dan Kampung Muhri.
Bahasa Sekar (Bahasa Kokas) dengan wilayah Kinam, Mandoni, Kimina Kra, Batufiafas, Sosar, Sisir, Sekar dan Ugar.
Bahasa Arguni dengan wilayah sepanjang Arguni, Taver, Andamata, Fior, Furir, Darembang, Goras dan Goras Selatan.
Bahasa Moor yaitu Otoweri, Mitimber, Wamosan, dan Thesa.
Bahasa Irarutu yaitu pada Kampung Tomage dan Syena Salawir.
Di masa lalu, suku-suku dengan bahasanya memiliki kerajaan dengan wilayah petuanannya sendiri-sendiri. Tujuh wilayah petuanan adalah Petuanan Ati-Ati di Werpigan, Petuanan Fatagar di Fakfak, Petuanan Arguni di Arguni, Petuanan Rumbati di Rumbati, Petuanan Patipi di Patipi Pasir, serta Petuanan Pikpik-Sekar dan Petuanan Wertuar di Kokas.
Peran penduduk asli atau disebut dengan ‘anak negeri’ di Fakfak sangat dominan terutama dalam urusan hak ulayat dan adat. Mereka (orang asli) memiliki pengguasaan hak ulayat atas bidang tanah tertentu yang terdapat di Fakfak. Seiring dengan perubahan sistem pemerintahan, peran pemerintahan kerajaan lalu dimasukkan dalam sistem pemerintahan modern dalam penatakelolaan kehidupan bermasyarakat. Sementara para warga pendatang di Fakfak berasal dari berbagai daerah di dalam dan luar Fakfak. Diketahui bahwa mereka (pendatang) ini berasal dari berbagai daerah lainnya di Papua.
Dari luar Papua, kalangan pendatang yang cukup menonjol di Fakfak diidentifikasi berasal dari daerah Jawa, Sulawesi, Ambon, Sumatera, dll. Berdasarkan daerah asalnya tersebut, suku para pendatang ini meliputi orang Jawa, Bugis, Makassar, Buton, Manado, Ambon, Ternate, dll. Selain itu, di Fakfak terdapat warga keturunan Tionghoa dan Arab yang telah berdomisili di daerah ini sejak beberapa abad silam. Kedatangan Orang Arab di Fakfak pada awalnya, selain untuk kepentingan perniagaan rempah-rempah, juga untuk menyiarkan agama Islam. Sementara itu, kedatangan nenek moyang warga keturunan Tionghoa ke Tanah Fakfak sepenuhnya karena alasan ekonomi, yakni untuk berdagang hasil-hasil bumi. Hingga saat ini, kawasan perbelanjaan/pertokoan di Kota Fakfak didominasi oleh kalangan Keturunan Tionghoa ini, yang sekaligus merupakan kawasan permukiman bagi kelompok masyarakat ini. Kawasan perbelanjaan/ pertokoan yang panjangnya tidak lebih dari 1 km ini, oleh masyarakat setempat, disebut sebagai kawasan Pecinaan yang terletak di Jalan Izak Tellusa Fakfak yang saat ini sebagai wilayah Kota Lama Kabupaten Fakfak.